13世纪之前的1000多年是蒙医学萌芽和经验积累时期。

蒙古族与其他民族一样经历了漫长的历史路程。古代蒙古族及其祖先，在同自然界和疾病做斗争的实践中逐步积累了原始的医疗知识。有关早期蒙古医药的事迹，国内外史料记载很少，散见于一些中国古代史书和蒙古史料，如《汉书》、《后汉书》、《三国志》、《蒙古秘史》、《元史》、《史集》等。虽然不见专门性的蒙医专著，但是可以肯定的是，当时已经出现了适应社会生活条件的蒙古医疗方法。例如：马奶疗法、灸疗、火针、药物知识等。

马奶疗法即是流传至今的一种有效方法，其中酸马奶在蒙古人防病治病的实践中，具有重要地位。《蒙古秘史》中就记载了蒙古人普遍酿制酸马奶和喝酸马奶的史实。如：成吉思汉的十代祖先孛端察尔“每日必至，索求酸马奶喝”。当时称酸马奶为“额酥克”。从现有的史料来看酸马奶疗法，早在13世纪以前《蒙古秘史》中就记载有元朝以前蒙古人用酸马奶救治受伤大出血昏厥病人的记载。

火的使用，在蒙医学发展的早期同样是不可忽视的，如恩格斯所言“摩擦生火第一次使人支配了一种自然力，从而最后把人从动物界分离出来”。也对蒙医中的热熨、灸法、火针及汤药等治疗方法的产生提供了条件。在寒冷、风雪等恶劣的自然条件下，可想而知，火对蒙古族先民的生活有多大的意义。他们不仅把火作为神灵物加以崇拜和祭祀，而且使之在防病治病中发挥着不可替代的作用。如:“北方者，天地所闭藏之域也，其地高陵居，风寒冰冽，其民乐野处而乳食，脏寒生满焫，其治宜灸焫，故灸焫者亦从北方来。”这是与蒙医学有关的疗法在中医文献中首次记载。这一时期的蒙古族民间医学有了以“寒热对立统一”思想为指导的朴素的唯物主义医学理论。他们诊治疾病时主要根据这一理论，治热症时用清热解毒、消肿止痛的寒性疗术和方药，治寒症时则用消食化淤、补血升温、通畅气血的热性疗术和方药。这种指导各种医疗活动的医学思想成了古代蒙医学的理论基础。

同其他任何医疗体系的早期阶段一样，此时的蒙医学尚未脱离巫术。占据统治地位的是萨满教，“萨满者，其幼稚宗教之教师也，兼幻人、解梦人、卜人、星者、医师于一身。”如今蒙语中接生员为Odgan，即是由古代女巫的称谓Itagan转变而来。